初代マリ伯爵ジェームズ・ステュアート(2)
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しかし、メアリーがダーンリー卿ヘンリー・ステュアートと結婚しようとすると、マリ伯は自分の権力の低下を恐れ、イングランド大使ランドルフ卿を通じてエリザベス1世に結婚の阻止を要請した。エリザベスも、強力なイングランド王位継承権を持つダーンリー卿がメアリーと結婚することへの懸念から、ダーンリー卿にすぐさまロンドンへの帰還を命じ、ダーンリー卿の母マーガレット・ダグラスをロンドン塔に幽閉した。
またマリ伯もダーンリーが父のレノックス伯マシュー・ステュアートと共謀して自分の殺害を企てていると主張し、メアリーとたびたび争いになった。しかし、メアリーとダーンリー卿は1565年7月29日に結婚した。マリ伯は、ダーンリー卿がなおも自分の命を狙っているとして、領地にひきこもった。
この頃、マリ伯はメアリーとダーンリー卿を誘拐し、ダーンリー卿をスコットランドから追放し、自分が政権を取ることを狙っていたという説がある。1565年8月1日、マリ伯はエリザベスの援助を取り付け、メアリーに叛乱を起こした。メアリーとダーンリー卿は戦場に赴いた。結局、期待していたイングランドからの援軍は現れず、マリ伯はスコットランド南部でボスウェル伯率いるスコットランド軍に敗北し、イングランドに亡命した。
1566年3月9日の夜中、ホリールードハウス宮殿でダーンリー卿やルースベン・モートンなどのスコットランド貴族達が組んで、メアリーの秘書のデイヴィッド・リッチオを殺害した。この事件の首謀者はマリ伯だったという説がある。確かにマリ伯は、メアリーに関する数々の陰謀による事件が起きた時、いつも現場に居合わせず、姿を消している。この後、自分の寵臣を殺されたメアリーと、その寵臣殺害に関わったダーンリー卿の仲は冷却していった。一方、マリ伯はメアリーから反逆罪を許され、スコットランド帰国が叶い、再び重用されることになった。