京都のとある神社で宮司が殺害された。京都府警捜査一課の紺野は、相棒の北原と共に捜査に乗り出す。そんな中、一人の男が浮上した。男は、かの安倍晴明の末裔だと言う。一方、山口県瀬戸内海に浮かぶ島で暮らす高校生、刀倉大河の元に、陰陽師を名乗る二人の青年が訪ねてきてーー今、止まっていた千年の時が動きだす。