ある未来～運命の奇跡使いの物語～とのリンクした物語。
二つに分かたれた文明の中で起こった物語。
奇跡使い、機械の思惑が交差する中、奇跡使いがとった行動とは。
やがて、明かされる奇跡使いの始まりと因縁。
予言がもたらした破局とは何だったのか？　グランドプロフェッサーの選択は正しかったのか？　
時代を超えて再び相まみえる日が来る。その時、彼らは何を選択するのだろうか？