時は二千百年代。人工知能が発展し、人類と機械が共存する世界があった。黎明期に人工知能と人類の架け橋となったマキナ家の若き次男アレックスはある日不可思議な少年と出会う。その少年は最早廃れた教会関係者だった。その少年との出会いをきっかけにアレックスは人類史と機械史のの興亡を探求していくことになる。