深海生物が好きな少年、沼川幸一（ぬまかわ　こういち）は、友人の赤沢新田（あかざわ　しんた）と獺沢杏（うそざわ　あんず）の三人で〈深海に行ける隠し通路〉があると噂される博物館へ行く。

　博物館の地下室で隠し階段を発見し、階段を降った先にあったのは……。奇妙な深海生物たちが暮らす、〈深海町〉という不思議な町だった。