ときは明治十六年、島原で灰となった〈さまよえるユダヤ人〉の肉体は、死人をこの世に再臨させる魔の道具とされていた！

現世に蘇った六人の魔人を引き連れるは、天を壊滅させんとする忍びの軍団〈薬込衆〉。

紀州にて行われた魔の儀式にて、神の恩寵は現世より失われた。

この世を救いうるは、キリスト再臨のその時まで現世をさまよう定めの〈さまよえるユダヤ人〉たる神父と、超絶の剣技持つ花魁〈地獄太夫〉ただふたり──！

祓魔の剣と、魔の忍法が、明治の闇にいま激突する！