中学２年生の少年ユタカは、同じ教会に通う心優しく信心深い少女シオンに憧れていた。だが、ある日シオンは失踪する。ユタカとその友人イブキ、ミサ、スミレは、シオンを探すことにした。教会で作戦会議をしていると、イブキが一冊の聖書から光が漏れていることに気づく。その聖書に触れると、４人の前に天使ルチアが現れ、彼らを聖書への「ダイブ」に招いた。聖書に何かを求める者は、聖書の物語の中に潜ることができると言うのだ。シオンが聖書の中にいるのではないかと考えた彼らは、彼女を探すため聖書にダイブする。だが、シオンはなかなか見つからず、少年たちは聖書の中で様々なトラブルに巻き込まれてゆくことになる。シオンは何を求め、どこにいるのか、そしてユタカたちはシオンに再び会うことが出来るのだろうか……。