1589年、カトリック教徒のハントリー伯爵ジョージ・ゴードンにスペインと密約を交わした容疑が上がったが、寛大な処置で済ませた。同年、デンマーク＝ノルウェーの王フレゼリク2世（フレデリク2世）の娘アンナ（アン）と結婚した。フレデリク2世はティコ・ブラーエを支援した国王で、当時は亡くなっていたが、ジェームズ6世はデンマークでブラーエと会っている。