その後、アンティオキア公ルノーがムスリムとの戦いに敗れ捕虜に取られた際、ボードゥアンは摂政として再び公国を統治したが、この行為によりビザンツ皇帝マヌエルの気を害してしまうこととなった。マヌエル1世は先の同盟でアンティオキアにおける宗主権をボードゥアンに承認させていたにもかかわらず、ボードゥアンが構わず自らアンティオキアの統治を推し進めたからである。この行為に対抗して、1160年にマヌエル1世はボードゥアンの従姉妹でアンティオキア女公のマリー・ダンティオケと結婚し、アンティオキア公国との関係強化に努めた。この際、ボードゥアンは別の従姉妹メリザンド・オブ・トリポリとの結婚を提案していたという。アンティオキアが独自にビザンツ帝国と関係を深めるのを防ぐためであったとされる。