2649年（光復元年）に地球世界を襲った天変地異の結果、日本列島は複数の国家に分裂し、各地で内戦が頻発していた。特に首都圏を擁する関東平野での戦乱が注目されるが、それと並んで重要なのは西日本、瀬戸内海を戴く西国である。そこでは近畿・中國地方と九州の軍勢が、瀬戸内海を巡って戦闘を繰り広げていた。その狭間にあって、最も深刻な無政府状態に陥っていたのが…四国であった。海に囲まれた四国は、本州から遮断された資源の枯渇、住民同士の衝突による内乱、そして…相次ぐ盗賊の蹂躙に苦しめられていた。

　この事態を乗り越えるべく、四国４県の生存者は同盟し、中立国共同体「南海コモンウェルス」が結成された。こうした中で2666（光復十八）年、地元の女学生「松山なつき」姉妹は、志を同じくする「鵜久森ミナト」らと出逢った。やがて彼女らは、四国の自由と平和を取り戻すため、コモンウェルスの義勇軍「サイドワインダー」を編成した。そして2669（光復二十一）年…弱き立場の人々を救い、分断された日本国家の統一・独立を成し遂げ、世界の秩序を変えるための初陣が、芸予諸島にて開戦した。九州の「神田エルンスト」「夢宮魅咲」や、異界から来訪した妖魔「十三宮澪花」らも援軍に参戦。四国と瀬戸内を愛する少女達との寝食を共に過ごし、戦い抜いた彼方へと開花する「私」の未来を信じて…出撃！

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