そして1541年には、市民の懇請によってジュネーヴに戻る。以後30年近くにわたって、神権政治（または神政政治、セオクラシー）を行って同市の教会改革を強力に指導した。ジュネーヴにおいてカルヴァンは厳格な統治を行い、市民の日常生活にも厳しい規律・戒律を求めた。