摂政解任後も実権を握ったが、カトリックのレノックス伯エズメ・ステュワートの奸計により、王配ダーンリー卿ヘンリーステュワート暗殺の罪を着せられ、1581年6月2日にスコッチ・メイデン（ギロチン）で処刑された。皮肉にもこの断頭台はモートン伯がイングランドから輸入したものだった。