違和感が出るということは、キャラの作りが甘いということ。ひいては作者のそのキャラに対する愛が足りないということです。

主人公の行動に説得力がないと読者の気持ちとリンクできず、カッコ良いと思って書いた主人公の行動もすべってしまい、非常に薄っぺらい出来になってしまいます。

そして、逆にそれさえできてしまえば、どんなに外道なキャラであっても、そのキャラの信念を通すことにより、本来共感を得られない外道の所業に対してもそれに似た感覚を読み手に与えることができるはずです。