1567年4月23日にボスウェルによってメアリーが誘拐されるという形で、5月15日に2人は結婚した。メアリーは彼にオークニー公爵の称号を与え、オークニー諸島とシェトランド諸島の領地を与えた。しかし、6月6日にはアーガイル・モートン・アソールなどの反ボスウェル派の貴族たちが反乱を起こし、メアリーとボスウェルは反乱軍と戦ったものの、6月15日にエディンバラ東部の町カーバリー・ヒルで投降した。