1528年10月、アンガス伯はスコットランド王ジェームズ5世に脅され、マーガレットをツイード川を越えてイングランドのノラム城へ送り返した。乳母または侍女のイソベル・ポパーを伴ってベリック城に短期滞在した後、マーガレットは彼女の代父ウルジー枢機卿の世帯に加わった。1530年にウルジーが死去するとマーガレットはボーリューの王宮に招かれ、メアリー王女の世帯に住んだ。イングランド王位への近さゆえに、マーガレットは従妹で生涯の友となるメアリー王女（後のメアリー1世）との密接なつながりの下、主にイングランドの宮廷で育てられた。1530年、1531年そして1532年のグリニッジ宮殿でのクリスマス季節には、ヘンリー8世はマーガレットに総額10マルク（￡6余り、当時の１マルクは13シリング４ペンス相当、2020年時点の￡4,043と同等）もの大金を与えた。