教会内部でも不祥事が起こり、アルマニャック伯ジャン5世が実の妹と結ばれることを許可したという勅書を尚書院の役人が作成、多額の謝礼を受け取るという事件があった。カリストゥス3世の死後事件は発覚したが、関与が疑われたロドリーゴは無実と判定された。