西暦2093年、三度目の世界大戦から10年が経った世界。
戦乱により居住可能地域は50%以下になりはしたものの、未だ人々の文明は栄えている時代。

戦中に生み出された「機械化人間（マキナドール）」、地球を取り巻く軍事衛星群（グラディウス・リング）。そしてそれらに深く関与していた二人の博士の意志。

戦闘組織「レヴェレイタ」に属する二体のマキナドール、アキとミキは、戦中に創り出された兵器や諸外国の陰謀に立ち向かううちに、自らの役割に気付いていく。

現実とは一体何か。
未来とは一体何か。
幾つものプロトコルで構成された世界にて、アキは決断を迫られる。