ノックスはジョージ・ウィシャートなどの初期改革者の影響を受けて、スコットランド教会の改革に着手した。

彼は、1546年の教会と政治に関わる事件に巻き込まれる。キャンドル・ビートンの殺人事件とスコットランド摂政の介入である。翌年フランス軍に捕らえられ、19ヶ月間フランスの軍艦で奴隷として働かされるが、1549年に捕虜交換で釈放され、イングランドに追放された。