そしてもう1通、こちらの方は極秘であったが後に内容が明らかになってしまった契約書があった。そこには

もしもメアリーが子供を産まずに死去した場合、スコットランドの他にイングランドの王位継承権もフランスに譲渡する。

と書かれてあった。この結婚契約書が明らかになった時から、メアリーとエリザベスの間に、生涯に渡る深い確執が引き起こされる事になった。エリザベス1世はダーンリーにロンドン帰還を命じ、命令に従わなければ反逆罪と見なすという厳しい態度を見せ、さらにまだイングランドに残っていたダーンリーの母マーガレットをロンドン塔に幽閉した。