年老いたジェルソンは故国フランスへ戻ろうと思い、弟が修道院長をしていたリヨンにやってきた。伝承では子供たちに勉強を教えていたという。そのジェルソンが求めたのは自分の魂の救いのために短い祈りをしてほしいということだったとされている。晩年のジェルソンは神秘神学に関する信心書を執筆していた。長い間、この時期ジェルソンが書いた信心書こそが、トマス・ア・ケンピスの名をつけられた『キリストにならう』だったと言われていたが、研究の結果、実際にトマス・ア・ケンピスのものだということがわかっている。

ジャン・ジェルソンは1429年7月12日にリヨンで死去した。