1990年代の調査はティコの死因が排尿の問題ではなく、水銀中毒によるものである可能性を示唆した。これは彼が毒殺された可能性を推測された。主要な二人の容疑者のうち1人は彼の助手であったヨハネス・ケプラーで、動機はティコの研究室と薬品類を自身の管理下に置くことであるとされた。もう1人の容疑者は、友人から敵となったクリスチャン4世の命令によって毒殺を実行したとされたティコのいとこ、イーレク・ブラーエである。クリスチャン4世はティコが彼の母親と不倫関係にあったという噂のために殺害を命じたという。