一方、帝国北部（ドイツ）ではシュヴァーベン公フィリップを支持する派閥とヴェルフ家のオットーをローマ王に推す派閥に分裂しており、それぞれの派閥に属する諸侯が互いに争っていた。1208年にフィリップが暗殺されるとインノケンティウス3世の働きかけを受けた諸侯は11月にオットーをローマ王に選出した。