怪我を癒し進軍を継続したゴドフロワは、1097年9月から開始されたアンティオキア攻囲戦にも参加した。この包囲戦は1098年6月まで続き、長く苦しい包囲戦となった。アレクシオス帝はこの包囲戦は失敗したと決めてかかり、約束されてきた食糧の提供を取りやめたことを受け、アンティオキアを包囲する十字軍は食糧不足に陥り、十字軍の多くはヨーロッパに帰還した。