1237年2月のウィーンの集会で、フリードリヒは次子のコンラートをローマ王に就けた。

1239年にグレゴリウス9世はフリードリヒが庶子エンツォに与えたサルディーニャ王位を剥奪し、一度は取り消した破門を再び行った。皇帝と教皇の争いはイタリアの都市間の抗争、都市内部の派閥にも波及し、皇帝派と教皇派（ギベリンとゲルフ）に分かれて争った。教皇派はフリードリヒをアンチキリストと呼び、フリードリヒは福音にかなった清貧を説いて教皇派に対抗した。