ティコとヴィーゼルが1565年にライプツィヒから帰国した時、デンマークはスウェーデンとの戦争の最中であり、ヤアアン・ブラーエはデンマーク艦隊の副提督としてこれに参加して、第一次オーランドの戦いでスウェーデンの撃沈に関わり、国民的英雄となっていた。ティコのデンマーク到着の直後、ヤアアン・ブラーエは1565年4月の戦いで敗れ、すぐ後に高熱で死亡した。これについて、彼がデンマーク王フレゼリク2世と一緒に飲んでいた夜、王がコペンハーゲン運河に落下し、ヤアアン・ブラーエが彼を追って運河に飛び込み肺炎を患ったという物語がある。ヤアアン・ブラーエの資産は妻のインガー・オクセに渡った。彼女はティコに格別の愛情を持っていた。