1515年、マーガレットはイングランド・ノーサンバーランドのハーボトル城で生まれた。父アンガス伯がスコットランドで困難に直面していた時、母マーガレットはスコットランドから国境を越えていた。母のジェームズ4世未亡人マーガレット・テューダーは幼王ジェームズ5世の摂政を務めていたが、1514年に第6代アンガス伯アーチボルド・ダグラスと密かに再婚したことで周囲の強い反感を買っており、アンガス伯の子を妊娠した摂政王太后マーガレットはスコットランド枢密院の監視下での生活を危惧して母国イングランドに逃亡したためである。