1547年の1月28日にヘンリー8世が死去すると、若年のエドワード6世の摂政としてサマセット伯エドワード・シーモアらが実権を握った。この年、それまで親英派であったアラン伯が親仏派であったビートン大司教の説得を受けてカトリックに改宗した。アラン伯の寝返りにイングランド宮廷は激怒し、スコットランドに侵攻した。1547年9月10日、ピンキ・クローの戦いが起きた。イングランド軍の大虐殺によりスコットランドでは1万人以上の死者を出し、なおもイングランド軍による各地での略奪が行われた。危険を感じたマリーは娘のメアリーを連れて9月11日から18日までインチマホームにある修道院に避難した。