フレゼリク2世の治世における最大の対外的衝突は、1563年から1570年まで続いた北方七年戦争であった。この戦争でフレゼリクは、精神異常を来していた従兄エリク14世治めるスウェーデンの征服を試みたが、失敗に終わった。戦線は拡大し、スウェーデンによってスコーネ地方を蹂躙され、危うくノルウェーを失うところまで追い込まれるという、きわめて代償の大きい消耗戦に突入する。この戦争の間、王は自ら軍を率いて戦場に赴いたが、大した成果も挙げられず、側近の貴族達との関係まで悪化する有様であった。しかしスウェーデン国内の情勢不利が利し、王国執事官（実質上の宰相）を務める有能なペダー・オクスのデンマーク支配権の掌握によってようやく状況は安定する。戦争は、戦前の領地関係を維持するという和平締結により集結し、デンマークの面目は一応保たれたが、同時にその軍事的限界も明らかになった。