デンマーク王位がクリスチャン4世に移った後、1597年にこの新王との不和によりティコは追放され、その後ボヘミア王兼神聖ローマ皇帝ルドルフ2世によってプラハに招聘され、帝室付の天文学者となった。彼はベナーツキ・ナド・イゼロウに天文台を建設し、1600年から死亡する1601年までヨハネス・ケプラーの補佐を受けて観測と研究を続けた。ケプラーは後にティコの天文観測データーを使用してケプラーの法則を発見した。