フリードリヒの遠征中、グレゴリウス9世は北イタリア諸都市を唆して南イタリアを攻撃した。帰国したフリードリヒは都市を占領していた教皇派の軍隊を撃退し、グレゴリウスを威嚇しつつ和議を提案した。1230年にチュートン騎士団の仲介と皇帝側の譲歩の結果、サン・ジェルマノの和約が成立し、フリードリヒの破門が解除された。講和では同時にヴェローナの領主エッチェリーノ・ダ・ロマーノの破門の解除、港湾都市ガエータのローマ帝国への編入が認められ、教皇側には屈辱的な結果に終わる。