名門中の名門中学校に特待生として通う中学三年生の天林寺真理矢（てんりんじしんや）は、個人的な理由から日々、つらいいじめに遭っていた。いじめを苦に飛び降り自殺をした彼は幸か不幸か、学校一のイケメン教師であり、変人と呼ばれるミハイル先生に命を救われてしまう。自殺できなかった彼にミハイル先生は「君は聖母マリアの生まれかわり。つらい日常は悪魔を倒すためのメンタルトレーニング。死ぬくらいなら、先生と一緒に悪魔を倒そう」と口説かれてしまう。その場は断ったものの、翌日、いじめを主導していたクラスメートたちが次々と姿を消すという事件が発生。
「悪魔の仕業だ」というミハイル先生とともに、しぶしぶながら真相を追うことになった。