プロット

起）優秀な子供だけが通う私立中学校、『聖星学園中等部』は中高一貫のミッション系スクールで、生徒の大半が国の要職を務めるような二世の子供ばかり。小さな寺の次男坊で落ちこぼれの主人公、天林寺真理矢（てんりんじしんや）はなぜか特待生として在籍していた。が、性格的にも家柄的にも、成績的にも特待生としての要素がないことで、生徒の反感の対象となり、日々いじめにあう真理矢。おとなしく、相手のことを一番に考えてしまい、悩みを抱え込んでしまう彼は現状に耐え切れず、学校の屋上から投身自殺を図るも、偶然、落下地点を通りかかった学校一のイケメン(金髪、青い目）で変人の美術担当ミハイル先生に助けられてしまう。
承）ミハイル先生に「君は聖母マリアの生まれかわり。現世のつらい仕打ちは悪魔を倒すためのトレーニング。自殺するくらいなら、死ぬ気で一緒に悪魔を倒そう」と口説かれる。あまりにも突拍子もない話すぎてついていけない真理矢は先生の申し出を断る。しかし翌日、いじめっ子たちが次々と姿を消してしまうという怪事件が発生。事件の犯人に仕立てられる真理矢。「これは悪魔の仕業だよ」というミハイル先生と共にしぶしぶながら事件を捜査することになった。
転）失踪したいじめっ子たちが意識消失の状態で見つかっていく中、クラスメートの余隼人（あまりはやと）だけが見つからない。どうやら彼は真理矢犯人説を覆すべく、ひとりで事件を調べていたらしい。そう言えば、彼はいじめに加担せず、いつも遠巻きに真理矢を助けてくれていた。なんとか彼を助けたいと思う真理矢はミハイル先生と学校内の調査を進めるうちに、社会科教師の山田一郎が事件に一枚噛んでいることを突き止める。問い詰めると山田はあっさり自供。さらにサタン復活をもくろむ悪魔の使いのひとり、アスタロトであると正体を明かす。隼人を助けるため、賭けをしようと持ち掛けるアスタロト。日没までに隼人を見つけ、地獄の門まで帰って来られたら、撤退するという。悪魔の賭けに乗り、地獄の門をくぐる覚悟をする真理矢。しかし、それはアスタロトの罠で、背中を見せた真理矢を殺そうとしていた。絶体絶命のピンチの真理矢の前にミハイル先生が登場する。なんと先生は天使軍の大将である大天使ミカエルだった。ただ、今は事情があって天使の力をほとんど使えない状況だった。それでも行けという先生に後押しされた真理矢は「絶対に隼人を連れ戻して帰ってくるから、先生も死なないで」と約束してその場を離れる。
結）地獄にとらわれた隼人を救出した真理矢は防戦を強いられるミハイル先生のもとに駆け付ける。使途ヨハネの生まれ変わりである隼人の助力もあり、強く生きること、人を傷つける悪魔を倒すことを決断した真理矢。そのことで、悪魔を薙ぎ払う炎の聖剣が復活。大天使長ミカエルの力を完全復活させることに成功し、アスタロトを見事撃退。だが、これで終わったわけではないという。「神の子イエスと彼の弟子たちを探し出し、ともにサタン復活を阻止せよ」という使命を負った真理矢の波乱万丈の学校生活が幕を開ける。