愛菜は中学校二年生。最近担任の先生と波長が合わずに不登校気味。学校を休んでいたら、いない間のＨＲで、勝手に図書委員になっていた。合わないクラスメイトも一緒で嫌みまで言われて、凹みながら図書室に向かう。図書室の司書は気持ち悪いおばあさん先生だけど、本は好きなので、がんばって図書委員の仕事をし始める愛菜。
みんなが帰った図書館で「ようやく適合者が来てくれた。これであの者達も喜ぶ……」と司書の先生に言われて、突然姿を現した喋るネコにびっくりしていると、この学校の図書室は、学校の図書室なだけでなく、あやかしの図書室だと言われて、さらにびっくりしてしまう。
司書の先生は、銀髪の綺麗な女の人になり、あやかしの姿が見える愛菜は貴重な人材だと言われる。その日から学校の図書委員だけでなく、あやかしのための図書委員をすることになった愛菜は学校内のあやかしが絡む事件にあれこれ巻き込まれることになる。