いずれにせよ王を怒らせた聖ヨハネは拷問を受け、1393年3月20日に落命した。その遺体はカレル橋の上から投げ捨てられたが、同年4月17日、ヴァルタヴァ川の川岸で発見された。プラハの聖ヴィート大聖堂内には、フィッシャー・フォン・エルラーハが手がけたバロック様式の墓がある。