ネポムクの聖ヨハネのネポムクとは、南ボヘミアのネポムク（古名、ポムク）出身であることに由来する。おおよその生年は、1369年にプラハで書記に任命された記述があることから逆算して推定されたものである。父親はポムクの村長を1355年から1367年にかけて務めたヴェルフリンという人物で、この名前から一家はドイツ系であったのではないかとする説もある。教会法を学び、プラハで司祭に任ぜられた。後にはプラハ大司教の総代理を務めた。