聖ヨハネの殉教の背景には、当時のボヘミア王ヴェンツェルとカトリック教会との対立がある。具体的な経緯については、空席となっていた修道院長の人選をめぐる大司教ヤン・イェンシュテインとヴェルツェンの対立に巻き込まれたとする説や、司祭として知り得た王妃の告解の内容を王に明かすことを拒んだからとする説などがある。