実際、既存の「神聖で荘厳なキリスト教のイメージをアピール！」しても面白くはならないし、教団側から見ても新たな信者獲得にはいたらないのではないかとは思います。
それはもう2000年間、本職の方々が頑張って来た道なので。
むしろ現代では、そこからの脱却が求められているんだろうなとは思います。

聖☆おにいさんのイエスがフレンドリーで親しみ易いキャラクターでありつつも中二病要素も持っているのは、奇跡や歴史上の宗教弾圧の結果からの再解釈としてそんなイメージがあるからだと思うんですよね。
例にあげるとヘルシングの教会やTYPEMOONシリーズでのキリスト教モチーフの教団なんかがまさにそのイメージで、バチカンからエクソシストの暗殺部隊が送られてくるようなそういう中二的側面というか。エヴァンゲリオンもこの方向性なのかなとは思います。

聖☆おにいさんの一点大きな設定として「もしもイエスやブッダが普通に引っ越してきたら」という、どこまでも身近な神というアイデアが大きなポイントであったとは思います。
その設定によって、聖書や戒律としての文化の違いの面白さをクローズアップするというパターンが構築されたコメディになっているのかとは思います。
作品内でキリスト教や仏教の教義が説かれたり賛美されることはありません。ただそれをネタとして紹介することで、興味を持ってもらう……キリスト教ラノベもそんなスタンスでいいのだとは思います。

ただ二次創作であるというのは認識が必要かなとも同時に思います。それはパロディとパクリの違いのようなもので、それがキリスト教新聞社さんのコメントなのかな？とは勝手に解釈しています。