コペルニクスはカトリックの立場を堅持したが、友人である司祭ティーデマン・ギーゼとともに、ルター派の禁教には反対の立場だった。1526年にはクラクフ大学時代のブルゼフスキ教授の天文学の講座の同窓の先輩で親友の地図学者ベルナルド・ヴァポフスキがポーランド王国とリトアニア大公国の版図全体の地図を作製した際、コペルニクスはその事業を手伝った。1530年代に入るとコペルニクスは聖堂参事会の古参として教区内で相談役的立場につくようになり始めた。