1161年にメリザンド王妃が亡くなり、1163年2月10日にベイルートにてボードゥアン3世は崩御した。当時の噂によれば、ボードゥアンはシリア正教会の医師により毒殺されたという。当時の歴史家ギヨーム・ド・ティールによれば、『王は医師から渡された錠剤を飲むや否や、高熱を発し赤痢に罹り、そのまま結核を発症なさった。その後王のご病状が回復することはなかった』という。