現在私たちが住んでいる日本、古より現世と呼ばれる世界の裏側には幽世という異界が存在する。
　中学校入学間近の主人公・黒川阿土は、母の死をきっかけに霊力に目覚める。そして異界・幽世と妖怪、それらと人の間を取り持つ陰陽師の存在を知る。力が発現したことで陰陽師になるための学校への入学が決まってしまった阿土は、母の死の真相を知るためにも幽世に足を踏み入れる。
　阿土は学校の仲間たちと過ごす中で母の謎、ぶつかり合う思想、そして妖怪と人間双方の争乱に巻き込まれていく。