「双子は|凶兆《きょうちょう》」古くからそう言い伝えられている桃源国。
　この国では双子として生を受けた者が無事、成人することはほぼ、ない。

　そんな中、服部半蔵の娘、琴葉は男女の双子として桃源国に生を受けた。
　何故か生かされた琴葉は、現在十七歳。くノ一い組に属する忍び者としてひっそりと組織の中で生きている。

「多くを望まなければ、それなりに楽しい人生」

　琴葉はそう信じて生きてきたし、これからもそのつもりでいた。

　そんな中、父である半蔵から新たな任務が下される。それは女の園である「大奥」で潜入捜査をしろというもの。

　何でも江戸城本丸大奥において将軍が寵愛していた奥女中が亡くなったらしい。
　そして彼女が残した遺書のような書簡が絶賛紛失中とのこと。

「大奥って、一度でもお手付きになったら二度と出られないらしいよ」

　周囲に散々脅されながらも、琴葉は任務のため大奥に向かう。
　するといつぞやの任務で顔を合わせた怪しい侍が琴葉を待ち構えていた。しかも何故か女装し、琴葉と共に大奥で捜査をするという。

　ひょんな事から大奥内、長局で女装した青年と共同生活を始める事となった琴葉。

　戸惑いながらも、大奥で遭遇する幽霊事件に盗難事件。
　そして、将軍の寵愛を受けた奥女中が残した書簡は見つかるのか。

　琴葉は多くを語らぬ謎の青年と共に、事件解決の為に大奥でのお勤めを開始するのであった。