近未来、元々中国東南アジアだった地域は新日本帝国として統一され、日本国との対立が深刻になっていった時代。
日本軍特殊部隊に偵察、工作、破壊、暗殺等を行う女性だけの特殊部隊、第九十一部隊通称「クノイチ」又は「エンゼルソード」が誕生した。しかし過酷な任務故殉職者が相次いだ中、特殊部隊合格した一人の若き青年士官がエンゼルソードに入隊する。しかも女性として。
共に特殊部隊に合格した相棒の視点から見る、女性士官になった男性と、エンゼルソードの活躍の物語。