温暖化による海面上昇等により海へ沈んだ東京。人々は海中に特殊な膜を張り浸水から守られた海膜街(シースキンガイ)に暮らしていた。海岸線沿いの町に住む夜名（やな）トウタ高校一年生は親友で幾つも特許を持つ発明研究の天才江寺（えじ）ニアの知識欲に巻き込まれ、空中浮遊都市計画の試験場へ潜入するべく研究施設へ向かうはめに……。