長い歴史の中で、人々が目の当たりにした、奇跡、魔法、魔術、超能力は、人類が進化へ向かう過程で示すサインだった。
　爆弾テロで両親が亡くなり、一人ぼっちになった東慧一は、父の友人である木崎正文に引き取られる。慧一は正文の娘愛美と共に、聖ラクスター学園に入学するが、そこには人類の進化に関する多くの謎が隠されていた。