太古の昔、外宇宙から地球に移住した精神生命体ニオブは、物質をエネルギーに変換して転送する特殊装置・プロミドンを使って人類を進化させるが、ニオブは思想の違いから内部分裂し、人類を支配しようとするニオブのクラリック階級と、人類と精神共棲して人類を管理しようとするアーマー階級ポーン階級のニオブの二派にわかれ戦いがはじまる。
　古代。アーマー階級とポーン階級はヒッタイトに精神共棲し、デカン高原の部族とローラン市民にわかれた。ローラン市民は、ニオブのクラリック階級が支配するパルティア軍によって壊滅し、アーマーとポーン階級の二オブはローランの娘マリオンに精神共棲するが、マリオンがパルティア軍に殺害されたため、アーマーとポーン階級のニオブはマリオンのミイラに留まり、デカン高原に移動したアーマーとポーン階級の部族とともに、反撃のチャンスを狙う。
　二千五百年後。アーマー階級のニオブはマリオンの精神とともに復活して子孫の理惠に精神共棲した。
　祖先にアーマー階級のニオブが精神共棲していた省吾は理惠とともに、クラリック階級が意識内進入して人類を経済で支配しようと画策する者たちをプロミドンを使って排除し、クラリック階級のアーク位アーク・ヨヒムを亜空間に幽閉する。
　プロミドンは単なる物質転換装置ではなかった。ダークマターにおけるヒッグス場に存在する電子ネットワークがプロミドンの意識で、この物質宇宙を存続するため装置を媒介にして存在している宇宙意識そのものだった。

　しかし、残っていたクラリック階級アーク・ルキエフは省吾と理惠を攻撃し、省吾と理惠と娘の耀子は息子・宏治を残したまま、他時空間へ逃れ再起をはかる。
　一方、残された宏治と養父の教授に、ミイラのマリオンからアーマー階級のニオブが精神共棲したため、二人はニオブの遺伝子をもつようなった。
　二人の子孫が特殊能力を持つと知った、ホイヘンスは（クラリック階級アーク・ルキエフの意識内進入体）は、二人を戦艦〈ホイヘンス〉に幽閉するが、ニオブの遺伝子を受け継いだ、宏治と教授の子ども・新人類トムソによって、宏治と教授は救出され、オイラー・ホイヘンスは宇宙へ逃亡する。
　クラリック階級が意識内進入したホイヘンスと、アーマー階級のニオブが精神共棲した者たちの戦いは宇宙へ拡大してゆく・・・・。