時に2027年。DOLLと呼ばれる心をもった機械の少女達が、ヒトと共生する未来。九州の南の海に浮かぶ屋久島につくられた緑化実験都市には、ヒトとDOLLが一緒に通う学園があった。
ある出来事をきっかけに目標を見失って家に閉じこもっていた高校生・糸川実を、探偵部の部長を名乗るDOLL・桜が無理やり連れ出すところから、物語は始まる。いつの間にか探偵部員にさせられていた実と、名探偵を自称する割にどこか抜けている桜、それに同じ部室で活動することになった園芸部員の朝菜と夕菜も巻き込んだ、騒がしいほど明るい毎日。
やがて、学園でDOLLが相次いで失踪する事件が起きていることを知り真相究明に乗り出した実たちの前に、学園の裏側で暗躍する巨大な陰謀が立ちはだかる。
謎に包まれた犯人の正体は。
実の5年前の記憶に残る“はじまりのDOLL”、XP-N-001の行方は。
そしていま、悲しみに溢れた真実が明らかになる……！
近未来を舞台に繰り広げられる学園ミステリー。