人々の心に付け入り世界に混沌をもたらさんとする〝魔なるもの〟、通称『悪魔』。そして、神々の異能を振るう少年少女たち――《神を内包せし者(ゴッズ・ホルダー)》。両者の大規模な戦いから半年が過ぎた。
　一年前に親友のかなえを救うため、神々に祈りを捧げ《ゴッズ・ホルダー》となった高校二年生の蓮美は、かなえ、クラスメイトの菱子、瑠璃らと共に平穏な毎日を送っていた。そんなある時、同じく《ゴッズ・ホルダー》である戦友の椿から、倒したはずの上級悪魔を見たという噂を聞いた。
　戦いを終えた蓮美に、新たな受難が降りかかる！