地獄より侵略を目論む悪神の脅威が薄れ、数百年。
　日本では甲賀と伊賀をはじめとした忍の里が国政に食い込み、静かに争っていた。
　そんなある日、五十年ぶりに地上に神が生み出した人型兵器・傀儡が下賜されることとなり、忍の者たちは色めき立っていた。
　普段は普通の男子高校生として生きていた龍太郎。彼は下賜の儀式への参加のため呼び戻され、共に学生として生きてきた隻腕の剣士・宗虎、くの一の桜と連れ立って東京を出立した。
　しかし、儀式には陰謀の影が――!?