24年前のあの日、仮初めの平和は終わりを告げた。
文明の進歩を渇望する「科学派」、自由意志や倫理哲学を重んじる「宗教派」の確執は、人々を恐怖にたたき込んだ大規模テロ「聖戦」をきっかけに激化。高度機械社会を築いた海上都市アステリアは、監視社会へと舵を切ることを余儀なくされた。
聖戦に伴い発足された機関哨戒班に属するアラン・シエンツィアは、テロを引き起こした首謀者を追い続けていた。
たった一夜にして理想郷を地獄に変えた元凶の正体とは、いったい何なのか。
そして長き沈黙を破るように、再び「ハト」は現れる。